据试验一般条件下，秸秆还田后进行连作，病虫害有加重发生的趋势。如在北方，麦秸还田后春小麦根腐病加重，在南方则小麦全蚀病加重；大豆秸秆还田后大豆根腐病和虫害率提高。因此，秸秆还田更适合建立在轮作的基础上，这样秸秆还田的效果才能充分发挥。在轮作的基础上进行秸秆还田，是不会造成病虫害大发生的。如果在连作情况下还田秸秆，可考虑采用秸秆翻耕还田的方法，而不能采用秸秆耙耕浅层还田的方法。同时，必须要加强病虫害防治，以确保农作物优质高产。
另外，由于秸秆还田增强了土壤微生物活性，加快了除草剂等在土壤中的降解速度，缩短了药剂的残效期。因此，在秸秆还田的土壤中施用化学除草剂等，特别是播前施用的，其有效施用剂量应适当提高。
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