据试验一般条件下,秸秆还田后进行连作,病虫害有加重发生的趋势。如在北方,麦秸还田后春小麦根腐病加重,在南方则小麦全蚀病加重;大豆秸秆还田后大豆根腐病和虫害率提高。因此,秸秆还田更适合建立在轮作的基础上,这样秸秆还田的效果才能充分发挥。在轮作的基础上进行秸秆还田,是不会造成病虫害大发生的。如果在连作情况下还田秸秆,可考虑采用秸秆翻耕还田的方法,而不能采用秸秆耙耕浅层还田的方法。同时,必须要加强病虫害防治,以确保农作物优质高产。
另外,由于秸秆还田增强了土壤微生物活性,加快了除草剂等在土壤中的降解速度,缩短了药剂的残效期。因此,在秸秆还田的土壤中施用化学除草剂等,特别是播前施用的,其有效施用剂量应适当提高。